员工自动离职后，需优先妥善处理后续离职手续以降低风险。具体如下：若公司有明确离职流程，员工离职后，公司应及时联系，要求其按规定办理手续，包括提交书面申请、完成工作交接等；若员工未完成交接，公司可暂缓结算剩余工资，直至交接完毕，因工作交接是法定义务，未完成可能给公司造成损失。
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处理员工自动离职时，要避免以下错误操作，以防公司风险：
1、直接扣发全部工资：这是错误的。法律规定员工提供劳动就有权获得报酬，公司仅可就员工未交接造成的实际损失追偿，不能直接扣发全部工资。
2、忽视工作交接催促：公司若不及时催促，可能导致工作断层，造成更大损失，还可能因未履行管理职责在劳动争议中不利。
3、擅自销毁员工档案：员工离职后，公司需按规定保存劳动合同文本等档案至少二年备查，擅自销毁属违法，可能受劳动行政部门处罚。若不确定操作是否合法，您可以咨询我为您解答。
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员工自动离职的处理还可能受特殊情况影响，具体如下：
1、存在《劳动合同法》第三十八条规定的用人单位过错情形。若员工因用人单位未及时足额支付报酬、未依法缴社保等过错自动离职，视为被迫离职，公司不能要求员工承担未办离职手续责任，还需支付经济补偿，处理上公司需承担不利后果并支付补偿。
2、用人单位同意即时离职。员工离职后，公司若考虑实际情况同意其即时办理离职，无需提前通知或按常规流程，双方可协商简化流程，工作交接等可灵活处理，影响是加快离职办理、减少纠纷。
3、员工因紧急情况无法亲自办理离职手续。如员工因突发疾病、意外事故等紧急情况无法到岗，公司应给予理解，可允许委托他人代办或线上办理，处理上公司需调整方式，体现人性化管理。
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员工自动离职后按公司规定办理离职手续，法律依据明确。《中华人民共和国劳动合同法》第五十条规定：“劳动者应当按照双方约定，办理工作交接。用人单位依照本法有关规定应当向劳动者支付经济补偿的，在办结工作交接时支付。用人单位对已经解除或者终止的劳动合同的文本，至少保存二年备查。”员工自动离职虽属擅自离岗，但仍需履行工作交接等离职手续义务。公司有明确流程时，员工应遵守，否则公司可依据此条款在员工办结交接前暂不支付经济补偿或剩余工资，结论是员工自动离职不能免除办理离职手续的法定义务，公司有权要求员工配合。

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